Olemme kehittäneet bioinformaatikoiden ja biologien muodostamana tiiminä useita avoimen lähdekoodin verkkosovelluksia ja menetelmiä syöpätutkimuksen alalla. Yksi työkaluistamme on Breeze-verkkosovellus, jota käytetään lääkeseulonnan tulosten interaktiiviseen analysointiin ja visualisointiin. Käyttäjä saa vuorovaikutteisesti yksityiskohtaista tietoa tuloksista liikuttamalla kursoria tulosten visualisoinneissa.
Sovelluksen ensimmäinen versio (Breeze 1.0) julkaistiin maaliskuussa 2020. Tämän jälkeen Breezestä on tullut alan laajalti käytetty työkalu. Tämän osoittavat sekä jatkuvasti kasvaneet latausmäärät että aktiivisten käyttäjien määrä, joka 3 vuodessa kasvanut yli 2900 käyttäjään.
Vaikka Breezen ensimmäinen versio tarjoaa kattavasti työkaluja lääkeseulonnan laadunvalvontaan ja tulosten analysointiin, tunnistettujen lääkeosumien huolellinen tulkinta on välttämätöntä väärien positiivisten tai negatiivisten löydösten välttämiseksi. Tämä edellyttää kattavaa jälkianalyysiä ja visualisointivaihtoehtoja. Lisäksi Breezen ensimmäinen versio ei mahdollista virustutkimuksessa asianmukaista lääkeseulonnan tulosten analysointia ja analysoitujen tietojen vertailua julkisesti saatavilla oleviin tietokokonaisuuksiin, mikä on useiden Breezen käyttäjien pyytämä ominaisuus.
Näiden rajoitusten korjaamiseksi otamme käyttöön Breeze 2.0:n, joka sisältää useita uusia ominaisuuksia, jotka sisältävät (1) kuratoidun tietokannan julkaistuista lääkeseulonta tuloksista, mikä helpottaa käyttäjien tietojen helppoa integrointia ja ristivertailua julkisesti saatavilla oleviin tietokokonaisuuksiin ja (2) standardoitu vertailu terveisiin kontrolleihin tai muihin vertailutietosarjoihin, (3) käyttäjien tuottamien ja julkaistujen tulosten uudet interaktiiviset visualisoinnit ja (4) lääkkeiden tehoa kuvaavien uusien mittareiden integrointi viruslääkeseulonnan tulosten analysointiin.
Uusi käyttöliittymä on intuitiivisempi ja helpompi käyttää, erityisesti ohjelmointia osaamattomille käyttäjille. Tuomme lähdekoodin myös vapaasti saataville avoimen lähdekoodin R-pakettina. R on ohjelmointikieli, jota käytetään erityisesti tilastollisessa laskennassa ja data-analyysissä akateemisessa maailmassa. Sen avulla tutkijat, lääkärit ja yritykset voivat muokata toimintoja omien tarpeidensa mukaan ja tukea sovelluksen jatkokehitystä raportoimalla virheistä ja ehdottamalla uusia ominaisuuksia ja päivityksiä.
Uskomme vahvasti, että päivitetty Breeze 2.0 on entistä hyödyllisempi työkalu, joka mahdollistaa luotettavamman ja tulkittavamman lääkeseulonta tietojen analysoinnin. Uudet toiminnot toteuttavat useimmat käyttäjien pyytämät ominaisuudet lääkeseulonta tulosten analysointiin.
Fuugin säätiö ja muut rahoittajat on mainittu alkuperäisessä julkaisussa, joka on juuri hyväksytty julkaistavaksi Nucleic Acids Research -julkaisusarjassa (linkki julkaisuun: https://academic.oup.com/nar/advance-article-abstract/doi/10.1093/nar/gkad390/7161532?utm_source=advanceaccess&utm_campaign=nar&utm_medium=email)
