Kuvittele, että voisit avata jokaisen ihmiskehon solun mysteerit ja tasoittaa tien ennenkuulumattoman merkittäville lääketieteellisille läpimurroille. Yksisolu RNA-sekvensointi (scRNA-seq) on uusi teknologia, joka mahdollistaa tiedemiehille, biologeille ja kliinikoille keinon tutkia yksittäisten solujen ainutlaatuisia piirteitä. Menetelmä yhdessä tehokkaan data-analytiikan kanssa mahdollistavat biologian ja terveydenhuollon ennennäkemättömät edistysaskeleet, mukaanlukien sairauksien parempi ymmärtäminen ja henkilökohtaisten hoitostrategioiden luominen.
ScType (https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type, https://sctype.app) on avoimen lähdekoodin ohjelmisto, joka on tarkoitettu täysin automatisoituun solutyypin tunnistamiseen scRNA-seq datasta. Syöpätutkimuksen ja räätälöidyn lääketieteen kehittämisen ohella ohjelmisto mahdollistaa esimerkiksi paremman kehitysbiologian ymmärtämisen. Vuonna 2022 lanseerattu ScType 1.0 on nopeasti saavuttanut käyttäjäystävällisyyden ja avoimen lähdekoodinsa vuoksi suuren suosion lääketieteellisen tutkimuksen yhteisössä: sillä on nyt yli 16 000 käyttäjää ja sen alkuperäistä artikkelia on ladattu yli 77 000 kertaa.
Monimutkaisten kudosnäytteiden ja multi-omiikka-datan kohdalla scType:lla on kuitenkin yhä puutteita, rajoittaen sen käyttöä entistä laajemmissa tutkimusyhteyksissä. Lisäksi työkalun tietokanta vaatii laajaa päivitystä uusien solutyypien tunnistamisen ja luokittelun osalta, mikä on kriittistä nopeasti kehittyvillä solubiologian aloilla, kuten immunologiassa. Tämän lisäksi ScTypen laskennallisia kykyjä on parannettava mahdollistamaan entistä suurempien datamäärien analyysin, sillä esimerkiksi neuro- ja syöpäbiologian aloilta kerätyt datamassat alkavat olla jo suuria. Projektin toteutuksen aikana yllä kuvaillut ominaisuudet tullaan sisällyttämään scType-työkaluun varmistamaan käyttäjien kasvavien tarpeiden toteutumisen solujen automatisoidun data-analytiikan saralla.