Breeze 2.0 on verkkosovellus lääkeseulonnan tulosten interaktiiviseen analysointiin ja visualisointiin

kirjoittaja

Olemme kehittäneet bioinformaatikoiden ja biologien muodostamana tiiminä useita avoimen lähdekoodin verkkosovelluksia ja menetelmiä syöpätutkimuksen alalla. Yksi työkaluistamme on Breeze-verkkosovellus, jota käytetään lääkeseulonnan tulosten interaktiiviseen analysointiin ja visualisointiin. Käyttäjä saa vuorovaikutteisesti yksityiskohtaista tietoa tuloksista liikuttamalla kursoria tulosten visualisoinneissa. Sovelluksen ensimmäinen versio (Breeze 1.0) julkaistiin maaliskuussa 2020. Tämän jälkeen Breezestä on tullut alan laajalti käytetty työkalu. Tämän …

Lue lisää

Kimmo Granqvist tietokoneella

Kieliteknologiaa Linuxilla: Suomen romanikielen automaattinen muoto-opin analysaattori ja korjausohjelma

kirjoittaja

Hankkeeni tavoitteena on kehittää Suomen romanikielen automaattinen muoto-opin analysaattori ja korjausohjelma. Muoto-opin analysaattorilla voidaan tunnistaa romanikielisiä sananmuotoja ja päätellä niiden perusmuodot, sanaluokat ja taivutusmuodot. Korjausohjelma auttaa kirjoittajaa löytämään tekstistään kirjoitusvirheet. Muoto-opin analysaattorin pohjana on Helsingin yliopiston emeritusprofessori Kimmo Koskenniemen 1980-luvulla kehittämä kaksitasomalli (Two-level Morphology, TWOL), joka soveltuu minkä tahansa kielen muoto-opillisen rakenteen mallintamiseen. Analysaattorin keskeiset …

Lue lisää

Tammikuussa 2023 myönnetty apuraha

kirjoittaja

Fuugin säätiö jakaa useita kertoja vuodessa apurahoja ja avustuksia avointen tietojärjestelmien ja avoimen lähdekoodin ohjelmistojen kehittämiseen liittyvään työhön. Säätiön hallitus kokoontui jälleen tammikuussa 2023 ja siihen mennessä saapuneiden hakemusten joukosta päätettiin tukea seuraavia hakemuksia: Lauri-Matti Parppei: Beat avoimen lähdekoodin käsikirjoitusohjelma (2000€) Jos hakemuksesi ei tällä kertaa tullut valituksi voit halutessasi hakea avustusta uudestaan. Jatkuva apurahahaku …

Lue lisää

Beat: avoimen lähdekoodin käsikirjoitusohjelma

kirjoittaja

Beat on avoimen lähdekoodin käsikirjoitusohjelma macOS:lle ja piakkoin myös iOS:lle. Lähdekoodi on GPL-lisenssin alaista. Ohjelmisto on ollut kehittelyssä vuodesta 2019 asti, ja se syntyi alun perin omiin tarpeisiin ohjaajana ja käsikirjoittajana. Beatilla voi kirjoittaa hyvin nopeasti, huolettomasti ja joustavasti, sillä ohjelma hoitaa muotoilun käytännössä kokonaan kirjoittajan puolesta, ja minimalistinen käyttöliittymä on suunniteltu pysymään poissa kirjoittamisen …

Lue lisää

Vuosi 2022 oli Fuugin säätiölle uudistumisen vuosi

kirjoittaja

Fuugin säätiö edistää avointa teknologiaa jakamalla avustuksia ja järjestämällä koulutusta. Tämän vuoden teemana oli ‘Avoimen maailman moninaisuus työelämässä’. Osana teemaa järjestimme yhdessä Mimmit koodaa -yhteisön, COSS ryn ja COSSn jäsenten kanssa webinaarisarjan ”Ovi avoimeen lähdekoodiin”. Kuuden webinaarin kokonaisuudessa käsiteltiin avointa lähdekoodia yleisesti ja sen lisäksi esiteltiin kolme avoimen lähdekoodin ohjelmistoa. Webinaarisarja keräsi yhteensä 593 kuulijaa, …

Lue lisää

Build or Die! Eeppinen, kevytmielinen ja omien sanojemme mukaan universumin kovin hackathon.

kirjoittaja

Hacklabit ovat ihmisiä ja tekemistä varten. Tämän vuoksi Hacklab Mikkeli päättikin tarjota yhteisöllisen ja halloween-teemaisen hackathon-hulluttelun paikalliselle värkkäilijäskenelle ja ihan kenelle vaan kiinnostuneelle, oli skenessä tai ei. Hackathonista kehitettiin viikon mittainen spektaakkeli. Ajatuksena oli, että rakenteluun ja koodaamiseen olisi riittävästi aikaa ja olisi viihdyttävää. Homma käynnistyi maanantaina 31.10 avajaisilla, jossa puhuttiin hackathonien olemuksesta, merkityksestä ja …

Lue lisää

Hacklab Mikkelin Craftlabissa yhdistettiin käsityöt ja koodaus

kirjoittaja

Syksyllä 2022 Hacklab Mikkeli ry:n tiloissa on kokoonnuttu arduinon ja käsityön luontevaan yhteistyöhön. Paja tavoitti uusia kävijöitä koodaamista aloittelevista ja myös kokeneita ohjelmoinnin soveltajia. Jokainen sai haastaa osaamistaan itse valitsemansa projektin parissa. Osallistujat olivat motivoituneita, aktiivisia ja valmiita ratkaisemaan käsityön ja koodin aiheuttamia haasteita! Craftlab kookoontui neljästi teknologiakasvattajan ohjaamalle paja-kerralle, joiden välissä jokainen sai itsenäisesti …

Lue lisää

Naisten reittejä datatalouteen – 4 menestystarinaa

kirjoittaja

Fuugin säätiön avustusten teemana vuonna 2022 on ”Hän koodaa, hen kodar”. Tähän teemaan uppoaa monimuotoisuus työyhteisöissä ja eri toimialoilla. Tästä syystä tuotettiin Jarkko Moilasen toimesta sarja datatalouden online-kahvitunteja. Kahvitunneilla 4 naista kertoi oman datatalouden menestys- ja kasvutarinansa. Jokaisen polku datatalouteen on erilainen ja jokainen sarjan tähti kertoikin kokemuksia aina uusista näkökulmista. Naisten tarinat datatalouden parissa …

Lue lisää

SynergyFinder 3.0 -sovellus usean lääkkeen yhdistelmien analysointiin

kirjoittaja

Kiitämme FUUG-säätiötä panoksesta SynergyFinder 3.0:n kehittämiseen. Se on vapaasti saatavilla oleva verkkosovellus, jonka avulla käyttäjät voivat vuorovaikutteisesti käsitellä, arvioida, tutkia, visualisoida ja raportoida luotettavimmista usean lääkkeen synergiaetuista usean annoksen lääkeyhdistelmätutkimuksista. Synergyfinderin uusi versio (versio 3) tarjoaa laskennallisen alustan nopeaan, luotettavaan ja toistettavaan lääkeyhdistelmäanalyysiin. Erityisesti SynergyFinder 3.0:ssa toteutettu uusi usean näytteen analyysivaihtoehto mahdollistaa luotettavamman lääkeyhdistelmäanalyysin sovelluksissa, …

Lue lisää

Lataa lisää uutisia